早乙女亂馬和天道道場的天道茜在父母安排下訂下婚約，但是亂馬有個非常特別的煩惱，他在中國受訓時，不小心掉進了咒泉鄉的詛咒之泉，從此之后，他的身體出現了古怪特性，只要碰到冷水就會變成女生，再碰到熱水才會變回男生。超搞笑動作浪漫喜劇就此拉開序幕，且看亂馬、小茜和其他性格鮮明的獨特角色打打鬧鬧，笑料大放送！

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東京、大阪、京都相繼發生殺人事件，5名死者皆是被頭戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬間殺害。警方介入調查，發現死者都是出沒于3地專門偷竊有名的佛像及美術品的偷盜集團“源氏螢”成員。該集團共有成員8名，以義經的家臣名字互相稱呼，且都持有一本《義經記》，被害5人手中的《義經記》均被拿走。 　　這日京都古寺山能寺收到奇怪書信，說若能解開信中所附的畫謎，便能找到8年前被竊的如來佛像?？履?、小蘭隨毛利小五郎來到該寺，均對畫謎一籌莫展。5名被殺者之一曾對與新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也來到京都對案件秘密展開調查，并借機找尋自己的初戀情人。柯南與服部相遇聯手調查時，發現有人想置服部于死地，緊接“源氏螢”另一成員被害，而這一切，似乎又都與畫謎有關。