工藤新一是全國著名的高中生偵探，在一次追查黑衣人犯罪團伙時不幸被團伙成員發現，擊暈后喂了神奇的藥水，工藤新一變回了小孩！新一找到了經常幫助他的阿笠博士，博士為他度身打造不少間諜武器。為了防止犯罪團伙對他進行報復，新一決定隱姓埋名，暗中追查他們，希望能得到解藥。一日，新一 的女友毛利蘭來到了阿笠博士的家尋找男友的下落，被小蘭撞見的新一情急之下編造了自己名叫江戶川柯南，隨后柯南寄居在了小蘭家。小蘭的父親毛利小五郎是一名私家偵探，新一可以籍著和他一起四出辦案一起追查黑夜人的下落?？履显谛W認識步美等小學生，他們一起組織了一個少年偵探團，向罪犯宣戰！

工藤新一，米花高中二年級學生，與小蘭是青梅竹馬，兩人感情很好。繼承了父親的超強推理能力，被譽為高中生名偵探。他喜歡看推理小說，最崇拜福爾摩斯，另外踢足球的水平也是一流。不幸被卷入黑衣組織的交易被灌下毒藥APTX4869，但是沒有死，只是變成了小孩，改名江戶川柯南（取自兩個偵探小說里的人名）。幸虧智力沒有衰退，還可以幫著毛利小五郎辦案以尋找黑衣組織的線索，而體力上的不足靠阿栗博士的發明來彌補。變小后就讀于米花小學1年紀B班，認識了步美、元太、光彥三人，還成立了少年偵探團。不管是變小前后，都是音癡，唱歌走音非常夸張。知道他真實身份的有：阿栗博士、他父母（聽博士說的）、服部平次（與柯南一起破案過程中自己發現的）、怪盜Kid（與柯南的較量中自己發現的）、灰原 哀（變小前奉黑衣組織之命調查新一時發現的）。因為變小后有和小蘭一起洗澡，還睡同一張床，所以柯南最怕自己的真實身份被小蘭知道，否則小蘭的空手道攻擊可不是說笑的.

工藤新一是全國著名的高中生偵探，在一次追查黑衣人犯罪團伙時不幸被團伙成員發現，擊暈后喂了神奇的藥水，工藤新一變回了小孩！新一找到了經常幫助他的阿笠博士，博士為他度身打造不少間諜武器。為了防止犯罪團伙對他進行報復，新一決定隱姓埋名，暗中追查他們，希望能得到解藥。一日，新一 的女友毛利蘭來到了阿笠博士的家尋找男友的下落，被小蘭撞見的新一情急之下編造了自己名叫江戶川柯南，隨后柯南寄居在了小蘭家。小蘭的父親毛利小五郎是一名私家偵探，新一可以籍著和他一起四出辦案一起追查黑夜人的下落?？履显谛W認識步美等小學生，他們一起組織了一個少年偵探團，向罪犯宣戰！

工藤新一是全國著名的高中生偵探，在一次追查黑衣人犯罪團伙時不幸被團伙成員發現，擊暈后喂了神奇的藥水，工藤新一變回了小孩！新一找到了經常幫助他的阿笠博士，博士為他度身打造不少間諜武器。為了防止犯罪團伙對他進行報復，新一決定隱姓埋名，暗中追查他們，希望能得到解藥。一日，新一的女友毛利蘭來到了阿笠博士的家尋找男友的下落，被小蘭撞見的新一情急之下編造了自己名叫江戶川柯南，隨后柯南寄居在了小蘭家。小蘭的父親毛利小五郎是一名私家偵探，新一可以籍著和他一起四出辦案一起追查黑夜人的下落?？履显谛W認識步美等小學生，他們一起組織了一個少年偵探團，向罪犯宣戰！

東京、大阪、京都相繼發生殺人事件，5名死者皆是被頭戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬間殺害。警方介入調查，發現死者都是出沒于3地專門偷竊有名的佛像及美術品的偷盜集團“源氏螢”成員。該集團共有成員8名，以義經的家臣名字互相稱呼，且都持有一本《義經記》，被害5人手中的《義經記》均被拿走。 　　這日京都古寺山能寺收到奇怪書信，說若能解開信中所附的畫謎，便能找到8年前被竊的如來佛像。柯南、小蘭隨毛利小五郎來到該寺，均對畫謎一籌莫展。5名被殺者之一曾對與新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也來到京都對案件秘密展開調查，并借機找尋自己的初戀情人?？履吓c服部相遇聯手調查時，發現有人想置服部于死地，緊接“源氏螢”另一成員被害，而這一切，似乎又都與畫謎有關。