在第二季中，那須田步（岡田 飾）和九鬼靜（中井 飾）這對搭檔，在“工作方式改革”的浪潮席卷下，降臨到了越來越混亂的日本醫療界。除了醫生的短缺，醫生和護士的加班時間也受到很大的限制，在不斷縮小的生命現場，挑戰新的戰斗。

在第二季中，那須田步（岡田 飾）和九鬼靜（中井 飾）這對搭檔，在“工作方式改革”的浪潮席卷下，降臨到了越來越混亂的日本醫療界。除了醫生的短缺，醫生和護士的加班時間也受到很大的限制，在不斷縮小的生命現場，挑戰新的戰斗。 　　步和靜這次受雇于長期擔任地區醫療核心的主干醫院“西東京綜合醫院”。該院前院長的腐敗被發現后，標榜“正確的醫療，正確的工作方式”的“干凈年輕的有領袖魅力的新院長”，著手以工作方式改革為中心的組織變革，不斷推進任務共享、勤務管理的徹底、醫療的可視化。但是這位新院長就是“本季最大的敵人”。不久，步&靜與新院長對立起來。

　　在旅行的列車上，美雪（鈴木杏 飾）再次邂逅了金田一（松本潤 飾），并追隨于他。同伴用手中的DV記錄著發生的一切。某夜，一個木偶團長不幸被害。案發后，警探發現他原本在車廂里的尸體不翼而飛，于是引起了一陣騷亂。探長決定在一家酒店暫時住下，找尋犯罪嫌疑人，金田一等人也一同前往。后來，根據案情，嫌疑人被鎖定在木偶團體成員之中，探長想通過體重以縮小搜查范圍。但是，一個女成員的意外死亡，卻讓金田一發現了隱藏的秘密，并由此揭開了一樁塵封多年的舊案真相……　　本片根據天樹征丸的漫畫改編，除上述特別版魔術列車殺人事件外，還包括以下6個事件，分別為幽靈客船殺人事件、法蘭西銀幣殺人事件、黑死蝶殺人事件、速水玲香誘拐殺人事件、魔術的森殺人事件和露西亞人形殺人事件。